Dem Werk des Nikolaus von Kues galt seit der Gründung des Thomas-Instituts stets ein besonderes Forschungsinteresse. Sein Denken steht für die longue durée vor allem der vielgestaltigen neuplatonischen Tradition, insbesondere auch der griechisch-byzantinischen. Die historisch-kritische Cusanusforschung hat die vielfältigen, auch biographisch greifbaren Bezüge seines Denkens erschlossen. Als einer Grenzfigur zwischen Spätmittelalter und Renaissance führt Nikolaus von Kues zugleich das Arbiträre sogenannter Epochengrenzen vor Augen.

Leiter der Forschungsstelle (in chronologischer Folge): Joseph Koch, Paul Wilpert, Karl Bormann, Hans Gerhard Senger