Die Bibliothek des Thomas-Instituts ist in erster Linie eine Spezialbibliothek für die Forschung. Enstprechend fällt der im Detail sehr differenzierte Bestand der Literatur aus, der eine große Bandbreite an Spezialthemen zur mittelalterlichen Philosophie umfaßt. Der umfangreichste Teil der Sammlung besteht aus Editionen der Schriften mittelalterlicher Philosoph*innen und dazugehöriger Sekundärliteratur (Primärquellen, Sekundärquellen). Dazu kommen Editionen der Texte antiker und patristischer Philosophen, die als die wichtigsten Grundlagen der mittelalterlichen Philosophie und ihrer Erforschung unumgänglich sind.

So können Wissenschaftler*innen und Studierende z.B. auf die kompletten Serien "Patrologia Latina,", "Patrologia Graeca", "Sources Chretiennes" und die Hauptreihen des "Corpus Christianorum" ("Continuatio Mediaevalis" und "Series Latina") zurückgreifen, ein außergewöhnlich umfassender Bestand, der nur in wenigen kleinen Bibliotheken in diesem Umfang vorhanden und direkt zugänglich ist.

Ein weiteres wichtiges Teilgebiet beinhaltet eine Literatursammlung von Quellentexten mittelalterlicher arabischer und jüdischer Philosophen, welche bestimmte Phasen der Philosophie des Mittelalters sehr geprägt haben, dazu die unterschiedlichsten Sekundärquellen. Recht umfassend ist auch der (sehr weit gefaßte) Bestand zur Geschichte der Philosophie (unterteilt z.B. in "Allgemeines", "Geschichte der Philosophie des Orients" / i.e. Arabische und Jüdische Philosophie, "Griechisch-Römische Philosophie", "Geschichte der Philosophie des Mittelalters" etc. Diese Bereiche sind noch in speziellere Unterbereiche gegliedert.

Weiterhin gibt es Literatur zu angrenzenden Gebieten, wie z.B. Universitätsgeschichte, Wissenschaftsgeschichte, Paläographie, Literatur- und Kulturgeschichte, Theologie, Ordensgeschichte, Sprachwissenschaften (Altphilologie) und zu diversen Gebieten der Sytematischen Philosophie (z.B. Logik, hier auch viel Literatur zur mittelalterlichen Sprachlogik). Außerdem gibt es eine große Sammlung Mikrofilme mittelalterlicher Handschriften, einige CD-ROM und eine Sammlung der speziellen Gattung "Festschriften", dazu über 60 Fachzeitschriften, zahlreiche Lexika, Wörterbücher und Enzyklopädien.

Für Bibliotheksbenutzer*innen gibt es sowohl Beratung bezüglich des Inhalts und des Aufbaus der Bibliothek als auch umfassende Unterstützung bei anstehender Literaturrecherche in den universitären und Kölner Bibliothekskatalogen ebenso wie in nationalen und internationalen Datenbanken und Literaturdiensten, wie z.B. "subito".
Beratungen erfolgen auch zu Anfragen zur Bestandserweiterung schon bestehender Bibliotheken oder zum Aufbau neuer Bibliotheken (z.B. für das Institut der Katholischen Theologie und ihre Didaktik am Lehrstuhl für Systematische Theologie / Dogmatik an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg / Philosophische Fakultät III / Erziehungswissenschaften).

Im Rahmen der Leitung der a.r.t.e.s. Forschungsschule durch den Direktor des Thomas-Instituts wird seit Januar 2009 von seiten der Bibliothek des Thomas-Instituts die zur a.r.t.e.s. Forschungsschule gehörende Präsenzbibliothek betreut. Der neu erworbene und weiterhin auszubauende Bestand setzt sich aus Handbüchern, Wörterbüchern, Lexika der unterschiedlichsten Ausrichtungen, Primär- und Sekundärtexten der bei a.r.t.e.s vertretenen Fächer zusammen. Die Erschließung erfolgt zum einen über den KUG, dort ist der a.r.t.e.s.-Bestand im Literaturbestand des Thomas-Instituts integriert. Jede Titelaufnahme ist mit einer Fußnote „a.r.t.e.s. Forschungsschule“ versehen, außerdem ist als Standort die Adresse „a.r.t.e.s.FS / Bauwensgebäude / Richard-Strauss-Str. 2“ und auch die Signatur der a.r.t.e.s.-Fächer angegeben. Zum anderen gibt es in der Bibliothek selbst einen alphabetischen und einen systematischen Zettelkatalog. Der Bestand umfaßt z.Zt ca 300 Bände und soll im Rahmen der gegebenen Möglichkeiten noch erweitert werden. Die Bibliothek ist nach Eröffnung der a.r.t.e.s.-Räume auch im Rahmen der Öffnungszeiten den Studierenden der Universität zugänglich.

Nach wie vor ist (im Gegensatz zu anderen Bibliotheken) ein Alphabetischer Zettelkatalog vorhanden, der ständig aktualisiert wird. Allerdings werden seit 2003 alle Neuerwerbungen für den KUG katalogisiert. Es hat sich aber gezeigt, daß der Zettelkatalog sowohl als aktuelles - nicht störanfälliges und allzeit zur Verfügung stehendes - Arbeitsinstrument, als auch als dauerhafter - und ebenfalls nicht störanfälliger - Bestandsnachweis zwingend notwendig ist. Es erfolgt allerdings seit 2003 auch eine kontinuierliche Katalogisierung des Altbestandes in den KUG.

Die Buchaufstellung der Bibliothek folgt einer Systematik, die in der Gründungsphase des Instituts erstellt wurde, wodurch sich diverse Besonderheiten erklären.

Die Benutzung der Bibliothek wird durch eine interne Benutzungsordnung geregelt.